El Consell se estructura en departamentos con el fin de coordinar, organizar y ejercer las actividades y los servicios que ofrece a la ciudadanía y a los ayuntamientos. Con esta estructura se consigue la especialización de los profesionales que trabajan con el fin de garantizar la máxima eficacia y eficiencia en la gestión pública.
Cada departamento está dirigido por un consejero ejecutivo o una consejera ejecutiva, que tiene a su cargo un equipo directivo formado por las personas titulares de las secretarías técnicas y de las direcciones insulares, que, a la vez, están al frente de las diferentes unidades administrativas.